Coordinateurs : Felix Forest (Royal Botanic Gardens, Kew, U.K.) et Erik Koenen (University of Zurich, Suisse).
Introduction
Le groupe de travail phylogénomique rassemble des équipes de toute la communauté de recherche sur les légumineuses qui ont étudié les relations phylogénétiques au sein de la famille à différents niveaux taxonomiques en utilisant des ensembles de données à l’échelle génomique. L’objectif principal du groupe est de compiler un arbre phylogénétique robuste et bien échantillonné de la famille au niveau générique, afin de servir de base à la reconstruction progressive d’un arbre phylogénétique complet de la famille au niveau de l’espèce. Ce cadre phylogénétique au niveau générique est essentiel pour améliorer la classification sous-familiale de la famille (c’est-à-dire la délimitation des tribus) et tester la monophylie des genres pour aider à la redélimitation des genres suspectés d’être non monophylétiques.
Stratégie
Le groupe cherche également à trouver des moyens d’harmoniser les différents ensembles de gènes et approches d’enrichissement de cibles (capture hybride) qui ont été développés pour la famille. Au moins cinq ensembles de sondes d’enrichissement de cibles différents ont été développés pour des clades de légumineuses spécifiques, notamment les Detarioideae, Caesalpinioideae (y compris les mimosoïdes), Cercidoideae et Papilionoideae. En outre, l’approche de capture hybride développée pour le projet Nitfix dirigé par Pam et Doug Soltis (Université de Floride) est appliquée à un large échantillon de plus de 9 000 espèces de légumineuses. L’ensemble d’appâts universels Angiosperms353 développé pour le projet Plant and Fungal Trees of Life, du Royal Botanic Gardens de Kew, est actuellement utilisé pour séquencer ces gènes pour un échantillon de genres couvrant tous les principaux groupes de légumineuses, avec un effort particulier sur la sous-famille Papilionoideae et ses lignées à divergence précoce. Le groupe de travail conserve une vue d’ensemble des différents ensembles de gènes de légumineuses en cours de séquençage et a évalué les chevauchements entre eux. Étant donné que le chevauchement des gènes ciblés par ces différentes approches est minime, les possibilités de combiner directement les différents ensembles de données sont limitées.
Plans futurs
Étant donné l’état avancé des travaux entrepris par plusieurs groupes qui ont conçu les ensembles de sondes énumérés ci-dessus, la phylogénomique des légumineuses progresse rapidement sur plusieurs fronts, avec des études bien échantillonnées émergeant pour toutes les sous-familles. Étant donné que la monophylie de chaque sous-famille est bien établie, ces efforts parallèles fourniront chacun des informations précieuses sur les relations phylogénétiques au sein de la famille.
Rejoignez le Groupe de Travail
Si vous souhaitez discuter et partager des informations sur les initiatives de phylogénomique des légumineuses, veuillez contacter Felix Forest ou Erik Koenen